本課程企圖從一個嶄新的角度重新梳理、研究並詮釋先秦思想史。自古以來，對於先秦的學說思想，出於學者的各種立場與目的，已有極多不同的解讀。近代以來，受到政治、西方學說思想與各種意識形態的影響，加以中西、古今思想型態的巨大隔閡，對於傳統思想的詮釋更是五花八門，各說各話。在變動時代的各種壓力與影響之下，近現代學者往往以各自的立場、流行價值觀、學理信仰與政治社會文化目的，加諸於其詮釋對象，造成了極為複雜分歧的各種解釋。為了從根本改善此困局，本課程在梳理與詮釋上，第一步先採取「反璞歸真」法，亦即先避開古今無數聚訟難解的爭議與意見，直接回到最可靠的原始文本，按可靠的時代次序，配合具體的歷史背景，參考時代最接近的註解與詮釋，以求回到文本的原初義，藉此重新建立對文本的基本理解。中國思想史內容無限，本課程將聚焦於當時人以及歷史上普遍認為最重要的學說之文本，以探究其「歷史意義」，並設法上下聯繫之，以求建立認識先秦思想傳統的脈絡。如此重新建立的脈絡，面貌將大異於本於一家、一派學說，或任何傳統派、西化派、馬列派、革命或「進步」派觀點下所建立的解釋體系，而比較最接近歷史上先秦思想史的真實面貌。
中國思想史的研究在近現代長期被各種「現代」或源自外來體系的學說、方法與角度所支解與扭曲，使中國思想早已失去其自身的特質與生命。為了恢復其歷史上的原貌，我們在研究中國思想史時，不僅所選文本當首重當時與自古以來所重視的文本，在詮釋這些文本時，還必須緊密注意這些思想所產生的歷史背景，注意他們所要解決的問題，尊重當時的世界觀與思維方式，這樣才能超越自己現有的看法與現代流行的觀點，以求「貼近歷史」並「合乎對象主體性」地瞭解我們所研究的對象。我們詮釋的角度當然可以也難免現代，但是觀點必須盡量回到歷史現場，以求如實地認識當時所提出的思想及其所企圖解決的問題。
就中國思想的歷史大背景而言，筆者在長期研究中國歷史文化的過程中，發現中國長期屬於一「超級國家型文明」與「天下型國家」。做為一「超級國家型文明」與「天下型國家」，中國一般首先必須解決其政治社會體制的問題，以維繫國家整體的生存與秩序。是以章學誠說：「若夫六經皆先王得位行道,經緯世宙之迹,而非託於空言」，司馬談說：「夫陰陽、儒、墨、名、法、道德，此務為治者也」。二十五史、十通、資治通鑑皆以記載治道得失為主，而集部傳統上亦以士大夫之辭章與有益治道與民生之專門之學為主。古人論學術思想，一向首重「政教」思想，並往往兼重與政教息息相關的修身乃至齊家之學。隨著時代發展，春秋戰國以降各家思想並一向看重做為政教與宇宙人生根本，而一以貫之的各家「道論」。其餘各方面的思想，也不免均深受政教與「道論」主軸思想的影響，或環繞此主軸而發展、或針對此主軸與中心的問題企圖有所匡濟。我們選擇文本時，亦從這種尊重歷史的立場出發。這本來應該是研究中國歷史與中國學術思想的基本常識，然而不幸地的是，從胡適、馮友蘭以降百年來的中國思想或哲學史研究，卻一直忽略這些基本事實，反而多從具有西方哲學或自然社會科學意義的課題與文本出發，並不斷用西方學術觀點與體系去重新整理古人思想。這種「現代化」與「西化」觀點，雖然可以產生許多新觀點與新發現，卻從根本地嚴重扭曲中國思想的諸多基本特質。
運用反璞歸真法，並深入研究歷史上視為重要的文本所針對的時代問題與中國體制問題，我們可以重新認識六經、王官之學、先秦諸子、歷代儒學、經學、道家、佛學、理學、樸學及其他各家思想在中國歷史上的意義。本課程將依時序閱讀關鍵原典並解析其大意，以表現古代思想之歷史真相，從而一改胡適、馮友蘭以降百年來中國思想史過度哲學化，或徒知模仿西方科哲學思想之面貌。